Malgré un tel manque d’études à ce sujet, de nombreuses théories aident à expliquer la façon dont la thérapie laser peut contribuer à combattre les processus infectieux. L’arrivée d’éléments défensifs, augmentant la phagocytose, aide à renforcer cet effet antimicrobien2. Une augmentation de la consommation d’oxygène a été constatée lors de la phagocytose, de sorte que l’oxygénation des tissus contribue à réguler cet effet3. La thérapie laser par oxygénation des tissus participe donc à cette phagocytose (voir dans les effets généraux : inflammation).
Une autre théorie dépend du type de chromophores que les différents micro-organismes peuvent présenter, affectant le potentiel de membrane, réduisant alors la production d’énergie par ces micro-organismes4.
Le métabolisme du micro-organisme est fondamental, en fonction de s’il s’agit d’un micro-organisme aérobie ou anaérobie.